财务会计软件的一般结构是从系统的功能层次结构来反映的，所谓功能结构，是指系统按其功能分层分块的结构形式，即模块化的结构。
一个系统可以划分为若干个子系统，每个子系统可划分为几个功能模块，每个功能模块再划分为若干个层次，每个层次沿横向分为若干个模块，每个模块都有相对独立的功能。一个子系统对应一个独立完整的管理职能，在系统中有较强的独立性，一个功能模块完成某一管理业务，是组成子系统的基本单位；一个程序模块则实现某一具体加工处理，是组成功能模块的基本要素，各层之间、每块之间也有一定的联系。通过这种联系，将各层、各块组成一个有机的整体，去实现系统目标。
一、总帐系统
总帐系统是每个财务会计软件的核心，对所有的会计核算软件来说都是必不可少的，总帐处理的工作量也是最大的，一般包括：凭证的输入、审核、记帐、帐本的查询、输出等。
二、出纳管理
出纳是会计中十分重要的一个岗位，它担负着现金、银行存款的收、付。传统的财务会计软件一般是以记帐凭证的输入开始，因此作为出纳是不允许进行上机操作的，但这样的电算化是不彻底的。出纳管理包括：收入管理、支出管理、出纳帐处理等。
三、应收、应付帐
应收、应付帐是用来管理企业的往来帐款的，在市场经济条件下，企业的往来帐管理工作量愈来愈大，也愈来愈重要。应收、应付帐包括：往来单位管理、应收应付核销、帐龄分析等。
四、报表处理
企业会计核算的结果最后需要用报表的形式反映出来，因此、报表处理主要用于进行报表的定义、编制、输出。
五、工资核算
工资核算用来进行工资的发放和核算，一般包括：工资的编辑、计算、工资的发放、工资的分摊等。
六、固定资产核算
固定资产核算用来管理、核算企业的固定资产，固定资产核算每月的工作量不是很大，仅仅是每月的增减部分，以及固定资产在部门之间发生的转移，大部分的工作量是在开始的初始化设置，而手工核算中较繁琐的折旧的计提及转帐等，则由计算机来完成，能大大减轻核算工作量。固定资产核算包括：固定资产增减变化、折旧计提、固定资产分摊等。
七、销售核算
销售核算用来进行销售的管理，其主要包括：销售商品的管理、销售中开票、收款、发货的管理、销售毛利的计算等。
八、存货管理
存货管理主要来管理企业的存货，如：原材料、产成品等等，管好存货对企业是十分重要的，手工核算下其工作量也很大，并且不容易管好。存货管理包括：存货代码的管理、存货的收、发、存管理，存货出库计价管理，存货核算等。
九、成本核算
成本核算主要用来核算企业的生产成本。其主要包括：直接成本的处理，间接成本的分摊，成本的计算等。
十、财务分析
财务分析是在核算的基础上对财务数据进行综合分析的，不同的财务会计软件其分析的内容也有所不同，一般有：预算分析、前后期对比分析、图形分析等。
